Nakon uspostavljanja dijagnoze celijakije, pacijentima se savjetuje doživotna stroga bezglutenska prehrana.
Iako farmakološka potpora može biti nadopuna cjelokupnom liječenju, bezglutenska dijeta je osnova u terapiji celijakije te ključni element dobrobiti bolesnika s celijakijom. To znači da se iz prehrane izbacuju sve namirnice koje u sebi sadrže žitarice: pšenicu, raž, ječam. Dijeta je potrebna jer se neliječenoj celijakiji pridružuju razne bolesti koje je teže izliječiti, a nakon nekog vremena posljedica može biti kancerogeno oboljenje. Rak probave i maligni limfom je čest kod bolesnika s celijakijom koji bezglutenskoj dijeti ne posvećuju posebnu pozornost.
Nakon utvrđivanja dijagnoze najbolje se konzultirati s nutricionistom oko usvajanja novih prehrambenih navika i praktičnih savjeta za provođenje bezglutenske prehrane. Istražuju se i druga terapijska rješenja, no zasad nema zadovoljavajuće alternative bezglutenskoj prehrani.
Celijakija se ne može (zasad) izliječiti, ali se može odlično kontrolirati. Što se s dijetom ranije počne, ranije se povuku simptomi. Bolesnike uobičajeno kontroliraju gastroenterolog i nutricionist. Kontrola se vrši redovito, a pacijenti koji su tek započeli bezglutensku prehranu preporučuje se ponavljanje serološkog testiranja nakon prvih 3 do 6 mjeseci. Normalizacija protutijela ovisi o prvotnoj koncentraciji, ali općenito bi se morala postići unutar 12 mjeseci od započinjanja bezglutenske prehrane. Osim serološkog testiranja treba provoditi kliničku i laboratorijsku evaluaciju bolesti (KKS, željezo, vitamin B12, folna kiselina, kalcij i vitamin D), te voditi zdrav i kvalitetan stil života.