Česta pogreška koju oboljeli čine nepotpuno je pridržavanje prehrane te vraćanja glutenu nakon što simptomi nestanu.
Važno je znati da je celijakija kronična i neizlječiva bolest te da nestanak simptoma ne znači potpuno izlječenje. Uz bezglutensku prehranu prognoze bolesti su vrlo dobre jer se crijevo, izbacivanjem štetnog proteina, počinje oporavljati. Nepridržavanje bezglutenske prehrane može rezultirati ne samo i dalje prisutnim simptomima nego i razvojem komplikacija koje mogu biti nemaligne i maligne. Što je dulje bolest aktivna, a neliječena, to je izglednost komplikacija veća. Po život opasana akutna komplikacija koja pogađa djecu s klasičnom probavnom slikom bolesti je celijakična kriza: djeca se uruše zbog obilnih proljeva i metaboličkih poremećaja.
Danas je nasreću to rijetkost. Na probavnom sustavu mogu nastati i druge komplikacije: upala sluznice tankog crijeva (ulcerozni jejunitis), smanjena funkcija gušterače i smanjena proizvodnja probavnih sokova, ali i neke druge. Najozbiljnija komplikacija neliječene celijakije je maligna bolest. Naime, limfom crijeva trideset puta je češći u neliječenoj celijakiji, a i neke druge zloćudne bolesti imaju veću pojavnost.
Mnoge od ranije navedenih simptoma bolesti možemo ubrojiti u komplikacije neliječenih osoba, npr. patološki (spontani) prijelomi zbog krhkoće kostiju, teškoće u trudnoći (pobačaji ili prijevremeni porođaji), psihički poremećaji i lošija kvaliteta života. Stoga je bitno strogo ne unositi gluten te redovito kontrolirati antitijela. Jer ako se na vrijeme započne liječenje i ako se ono dosljedno provodi, prognoza celijakije je odlična.